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今、このような注意書きが出てくる理由はわかりませんが、
この注意書きのポイントは、１ではなく２の方であろうと思われます。
「法令により同時に申請しなければならないとされている申請以外の申請については，一括して送信することはできますが，「連件」の設定はしないでください」というのがポイントだろうと思います。
例えば、医療法人の資産の総額の変更と理事長変更の登記を申請する場合、書面申請であれば当然２－１、２－２（関東の方は１／２、２／２かも知れませんが）として連件で申請するのが実務だと思いますが、これと同じ事をオンラインで行うとうまくいかないということなのでしょうか。
しかし、申請人として連件で処理してほしいわけで、単に一括して送信しただけでは、受付番号が連続するかどうかシステム任せになってしまいます。
ここまで注意を促すのであれば、一括送信しても連続して受け付けられることを明らかにすべきだと思いますが、システムのことですから、わからない、更に言えば、ネット上果たして同じ経路を通るものかどうかもわからないということがあると思います。
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商業・法人登記のオンライン申請における「連件」設定について
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji06_00050.html

１　「連件」の設定を要する場合
商業・法人登記においては，本店・主たる事務所を他の登記所の管轄区域内に移転した場合の新所在地においてする登記の申請と旧所在地においてする登記の申請とは，同時にしなければならないとされています（商業登記法（昭和３８年法律第１２５号）第５１条第２項（他の法令において準用する場合を含む。））が，オンラインによって，これらの登記の申請を同時にする場合には，「連件」の設定（申請用総合ソフトの場合，「送信前申請一覧（連件・同順位設定）」画面において，送信する申請書等の「順番」欄に送信順番を指定すること。）をして申請書等を送信してください。このほか，同時に申請をしなければならないとされている組織変更の登記（同法第７８条第１項等），合併の登記（同法第８２条第３項等），分割の登記（同法第８２条第３項等）等についても，同様としてください。

２　１以外の場合
法令により同時に申請しなければならないとされている申請以外の申請については，一括して送信することはできますが，「連件」の設定はしないでください（特に商業の登記の申請と法人の登記の申請を「連件」の設定をして送信すると，システム上，登記の受付ができない場合があります。）。
また，商業の登記の申請と法人の登記の申請を同時にすべき場合にも「連件」の設定はしないでください（これらの申請書等を一括送信する際に「連件」の設定を行うと，システム上，登記所で受付を行うことができない場合があります。）。なお，当面の取扱いについては，平成２３年５月１２日（木）【お知らせ】「会社以外の法人と会社との間の組織変更の登記の申請をする場合の申請方法について」を御覧ください。

※　申請書等を送信する際の申請用総合ソフトにおける操作方法は，「登記・供託オンライン申請システム申請者操作手引書～商業・法人登記申請　申請用総合ソフト編～」８８ページから９１ページまでを御参照ください（※申請書総合ソフトの操作手引書）。

オンラインを利用して登記の申請を行った場合の登録免許税額の軽減措置が変更されます
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji06_00049.html

　「現下の厳しい経済状況及び雇用情勢に対応して税制の整備を図るための所得税法等の一部を改正する法律」（平成２３年法律第８２号）が平成２３年６月２２日に成立し，同月３０日に施行されることとなりました。
　これにより，オンラインを利用して申請された登記に係る登録免許税の軽減額の上限が，平成２３年７月１日から平成２４年３月３１日までの間に受ける登記の申請（注１）については最高４，０００円，平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの間に受ける登記の申請（注２）については最高３，０００円に変更されました。
　詳細については，こちらをご覧ください。[PDF]

（注１）平成２３年６月３０日の１７時１５分以降同日２１時までに登記・供託オンライン申請システムに到達した申請については，その翌日に受ける登記の申請となるため，この区分に該当することになります。
（注２）平成２４年３月３０日の１７時１５分以降同日２１時までに登記・供託オンライン申請システムに到達した申請については，その翌開庁日に受ける登記の申請となるため，この区分に該当することとなります。

連合会から各単位会への通知文書

平成２３年６月２８日
司法書士会会長 殿
日本司法書士会連合会会長
「現下の厳しい経済状況及び雇用情勢に対応して税制の整備を図るための
所得税法等の一部を改正する法律」の公布について
本年６月２２日成立いたしました標記法律の施行に伴う租税特別措置法施行令等の一
部を改正する政令が６月２８日に閣議決定し、同月３０日に公布・施行されることと
なりましたので、お知らせいたします。
いわゆる「つなぎ法案」の適用は６月３０日までとなり、標記法律は７月１日以降の申
請から適用されますので、ご留意ください。

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オンライン減税も含まれています。

登記完了証の交付の方法について
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji05_00057.html

第１　不動産登記規則第１８２条第１項柱書きの法務大臣が別に定める場合について
１　不動産登記規則第１８２条第１項柱書きの法務大臣が別に定める場合
　不動産登記規則（平成１７年法務省令第１８号。以下「規則」といいます。）第１８２条第１項柱書きの法務大臣が別に定める場合として，次のとおりとすることとしましたので，お知らせします。
　なお，この取扱いは，平成２３年６月２７日（月）以降に電子申請した登記について適用されますので，御留意願います。
〈法務大臣が別に定める場合〉
　不動産に関する登記の申請（嘱託を含みます。以下同じです。）を電子申請（不動産登記法（平成１６年法律第１２３号。以下「法」といいます。）第１８条第１号の規定による電子情報処理組織を使用する方法による申請をいいます。）でした場合であっても，当分の間，登記完了証を書面により交付することを申し出ることができます。
　なお，登記権利者及び登記義務者が共同して申請する登記が完了した場合に交付される登記完了証について，一方の申請人が登記完了証を書面により交付することを申し出た場合には，他方の申請人に交付される登記完了証も書面によるものとなります。
２　申出方法
　申請情報（嘱託情報を含みます。以下同じです。）の登記完了証の「交付方法」欄に，次のいずれかの方法を選択して，申し出願います。
〔登記所の窓口での交付〕　登記所での交付を希望する
〔送付の方法による交付〕　送付の方法による交付を希望する
※　従前どおり，オンラインでの交付を希望される場合は，「オンラインによる交付を希望する」を選択してください。
　なお，送付の方法により登記完了証の交付を希望する場合には，送付先の情報も必要となりますので，詳細については，「第２　送付の方法による登記完了証の交付について」を参照願います。
３　登記所における登記完了証の交付の方法等
　登記の申請の際に付された受付番号，身分証明書その他の本人を確認することができる文書を提示する方法により登記の申請人（又は代理人）であるかどうかを確認させていただいた上，登記完了証を交付しておりますので，登記所において登記完了証の交付を受ける場合には，あらかじめ，受付番号を確認の上，身分証明書等の文書を持参願います。

第２　送付の方法による登記完了証の交付について
１　送付の方法による登記完了証の交付
　規則第１８２条第２項の規定により，登記完了証を書面で交付する場合には，送付の方法によりその交付を求めることができることとなりました。
２　申出方法
　登記完了証を送付の方法により交付することを申し出る場合には，次の例に従い，必要な事項を当該登記の申請情報の「その他事項」欄に記録し，又は登記申請書の適宜の欄に記載してください（規則第１８２条第２項）。
〈例〉送付の方法により登記完了証の交付を希望します。（注１）
送付先の住所：登記権利者及び登記義務者の住所地（注２）
（注１）オンライン申請の場合には，上記第１の２のとおり，申請情報の登記完了証の「交付方法」欄において「送付の方法による交付を希望する」を選択してください。
（注２）送付先の住所は，次の参考例のように記録し，又は記載してください。
〔参考例〕
(1) 登記申請人（登記権利者及び登記義務者が申請人である場合を含む。）の住所地への送付を申し出る場合
〈例１〉登記申請人の住所地
〈例２〉登記権利者及び登記義務者の住所地
(2) 資格者代理人の事務所の住所地への送付を申し出る場合
〈例〉資格者代理人の事務所
(3) 登記権利者（登記義務者）が登記義務者（登記権利者）を代理して登記の申請をした場合であって，当該登記権利者（登記義務者）の住所地への送付を申し出る場合
〈例〉登記権利者（登記義務者）の住所地
３　送付の方法
　送付の方法により登記完了証の交付を希望する旨の申出があった場合には，書留郵便等の方法により送付します（規則第１８２条第３項において準用する規則第５５条第７項）。
４　費用の納付
　登記完了証の送付に要する費用は，申請人の方の負担となります。そのため，必要な郵便切手を次の方法により提出願います（規則第１８２条第３項において準用する規則第５５条第８項）。
　なお，速達や本人限定受取郵便の方法による送付を希望される場合には，その費用についても併せて提出願います。
(1) 電子申請の場合（(2)を除く。）
　申請に係る登記が完了するまでに，郵便切手を適宜の方法により登記所に提出してください。
　なお，提出に当たっては，例えば，受付年月日及び受付番号により特定するなどして，どの登記の申請についてのものかが明らかとなるよう配意願います。
(2) 不動産登記令（平成１６年政令第３７９号）第５条第１項の申請（いわゆる特例方式による申請）の場合
　郵便切手を規則別記第１３号様式による書面とともに，登記所に提出してください。
(3) 書面申請の場合
　郵便切手を登記申請書とともに，登記所に提出してください。

http://www.touki-kyoutaku-net.moj.go.jp/information/info_201106.html#HI201106090302
申請用総合ソフト（1.4A）について，一部機能の改修のため，バージョンアップを行います。６月２４日（金）午後１０時以降に，申請用総合ソフトを起動すると，最新バージョンの申請用総合ソフト（1.5A）に更新することができます。
　申請用総合ソフトのバージョンアップは，２４時間，土曜日，日曜日，祝日も可能です。
　１．３Ｂより前のバージョンの申請用総合ソフトをご利用の場合は，申請用総合ソフトの再インストールが必要となりますのでご注意ください。

　改修内容及びバージョンアップの方法については，こちらをご覧ください。
　このバージョンアップでは，不動産登記申請書及び不動産登記嘱託書の申請様式の更新を行うため，更新対象の申請様式についてバージョンアップ前に作成し，保存している場合において，バージョンアップ後に送信するときは，バージョンアップ後・送信前に当該申請書について「編集」又は「再利用」を指示し，様式の最新化をした後に送信してください。

http://www.touki-kyoutaku-net.moj.go.jp/information/info_201106.html#HI201106160304
１　６月２４日（金）の１７時１５分までに登記・供託オンライン申請システムに到達する登記の申請
　登記完了証は，全てオンラインによる交付のみとなります。

２　６月２４日（金）の１７時１５分から２１時までの間に登記・供託オンライン申請システムに到達する登記の申請
　登記完了証は，オンラインによる交付のほか，書面による交付を申し出ることができます。
　ただし，この段階で登記・供託オンライン申請システムに送信することができる申請書の様式は，「登記完了証の交付方法」欄が設けられる前のバージョンの申請様式（以下「旧様式」といいます。）のものとなるため，「申請書作成・編集画面」の「その他事項」欄において，申請人等が希望する登記完了証の交付の方法によって，次の項目を入力する必要があります。
　①　登記所の窓口での交付を希望する場合　→「登記所での交付を希望する」
　②　送付（郵送）の方法による交付を希望する場合（※）　→「送付の方法による交付を希望する」
　　　※　登記完了証の送付先の住所についても，併せて「その他事項」欄に入力します。
　③　オンラインでの交付を希望する場合　→「オンラインによる交付を希望する」

　○　「申請用総合ソフト」の「申請書作成・編集画面」での入力画面は，次のとおりです。
　　　「登記完了証の交付方法」の「その他事項」欄への入力例

３　６月２７日（月）以降に登記・供託オンライン申請システムに到達する登記の申請
　オンライン申請における登記完了証の書面交付の開始に伴い，「登記完了証の交付方法」欄が設けられたバージョンの申請様式（以下「新様式」といいます。）で作成された申請情報を送信しなければならず，旧様式で作成された不動産登記申請書又は不動産登記嘱託書の申請情報を送信した場合は，エラーとなります。
　このため，旧様式で作成された不動産登記申請書又は不動産登記嘱託書の申請情報を登記・供託オンライン申請システムに送信する場合は，申請用総合ソフトのバージョンアップ後に，当該申請に係る申請情報について，「編集」又は「再利用」の指示を行ってください。その際に，表示される「様式の最新化」を「ＯＫ」すると，当該申請情報が新様式に変換され，当該申請情報を登記・供託オンライン申請システムに送信することが可能となります。

　○新様式への変換の方法について次のとおりです。
　　「操作方法」

http://www.touki-kyoutaku-net.moj.go.jp/information/info_201106.html#HI201106160303
本年６月２７日以降に登記所で受け付けられたオンライン申請（※）については，書面により登記完了証の交付を受けることを申し出ることができるようになりました。
　なお，登記完了証の交付の方法に係る申出方法等の詳細については，「登記完了証の交付の方法について」を参照してください。
　※　６月２４日（金）の１７時１５分から２１時までの間に登記・供託オンライン申請システムに到達するオンライン申請も含まれます。

（登記完了証の交付の方法の選択方法）
　「申請用総合ソフト」の「申請書作成・編集画面」の「登記完了証の交付方法」欄において，申請人等が希望する登記完了証の交付の方法によって，次の項目を選択することとなります。
　①　登記所の窓口での交付を希望する場合　→「登記所での交付を希望する」
　②　送付（郵送）の方法による交付を希望する場合　→「送付の方法による交付を希望する」
　③　オンラインでの交付を希望する場合　→「オンラインによる交付を希望する」

　○　「申請書作成・編集画面」での選択画面は次のとおりです。
　　　「登記完了証の交付方法」の選択例
　
　○　送付（郵送）の方法による交付を希望する場合，「申請用総合ソフト」の「申請書作成・編集画面」の「その他事項」欄において，送付（郵送）先の住所を入力することとなります。
　　　なお，その入力方法は，次のとおりです。
　　　「送付先の住所」の入力例

電子納付におけるページとの連携不具合の場合、納付情報を手動で入力しなければなりません。しかし、申請用総合ソフトの納付情報がコピペできないため、非常に面倒な作業になります。

収納機関番号は法務省で一定ですが、納付番号と確認番号を紙にメモして入力することは大変です。

そこで、少しだけ手間が省ける方法を紹介します。

ダウンロードサイトから説明PDFファイルがダウンロードできます。